rbenv-gemsetsを使う。

$ rbenv exec gem uninstall bundler
$ rbenv exec gem list

$ rbenv versions
$ rbenv gemset create 2.2.1 basic
$ mkdir -p ~/Study/Rails1
$ cd ~/Study/Rails1

$ echo basic >.rbenv-gemsets
$ rbenv gemset active
basic
$ rbenv exec gem install bundler
$ rbenv exec gem which bundler
$ gem list
$ cd ..
$ gem list

rbenv-gemsetsはAnsibleでインストール。
Bundlerをアンインストールして、全部gemsetで管理するように切り替えた。
gemsetはRubyのバージョンごとに作るので、まずrbenv versionsでバージョン確認。とりあえずbasicとしておいた。

作業用ディレクトリに移動してそこで有効にするgemsetを記述した.rbenv-gemsetsファイルを作る。rbenv gemset activeで確認すると、なぜかbasic以外にもglobalと表示される。gem envを確認してもglobalというgemsetがあるかのようにGEM PATHSに表示されるけど、実際には該当ディレクトリがない。謎。
深く考えずにbundlerをインストールすると、ちゃんとGEM PATHSのbasicの下にインストールされるし、他のディレクトリに移動してgem listを見るとbundlerは表示されない。

あとは、gemをインストールするときにちゃんと該当ディレクトリで.rbenv-gemsetsファイルを記述するようにすればきっときれいな状態になる...はず。

Bundlerもgemsetsで管理するならrbenv-default-gemsの設定は確認する必要あり。
つづけてRailsアプリを作るなら

$ cd ~/Study/Rails1
$ rbenv exec gem install rails
$ rbenv exec rails new myapp
$ cd myapp
$ rails server

みたいな感じかと。